\subsection{Structure et organisation}
Le bonsaï est un projet interdisciplinaire dont le noyau scientifique est la conception d'algorithmes 
efficaces pour l'analyse
des macromolécules biologiques.
Dans une perspective historique, la recherche en bioinformatique a commencé avec des algorithmes de cordage 
est conçu pour le
comparaison des séquences. Bioinformatique devint alors plus diversifiée et par analogie à la cellule 
vivante elle-même,
il est maintenant composé d'une variété d'interagir dynamiquement composants formant un vaste réseau de 
connaissances:
la biologie des systèmes, de la protéomique, de text mining, phylogénie, la biologie structurale, etc 
analyse de la séquence reste un
nœud central dans ce réseau interconnecté, et c'est le cœur du bonsaï team.2 Rapport d'activité INRIA 2012
C'est une connaissance commune de nos jours que la quantité de données de séquences disponibles dans les 
banques de données publiques se développe à
un rythme exponentiel. Technologies de séquençage d'ADN classiques développés dans les années 70 déjà permis 
l'
réalisation de centaines de projets sur le génome qui vont de bactéries aux vertébrés complexes. Ce phénomène
est considérablement amplifiée par l'arrivée récente de séquençage de nouvelle génération (NGS), qui donne 
lieu à de nombreuses
de nouveaux problèmes complexes en biologie computationnelle en raison de la taille et de la nature des 
données brutes produites. Le
achèvement du séquençage des projets dans les dernières années nous enseigne aussi que le fonctionnement du 
génome
est plus complexe que prévu. A l'origine, annotation du génome a été principalement tirée par le gène codant 
pour la protéine
prédiction. Il est maintenant largement reconnu que l'ADN non-codant joue un rôle important dans de nombreux 
processus de réglementation.
À un niveau supérieur, l'organisation du génome est également une source de complexité et d'avoir un impact 
important sur le cours de
évolution.
Tous ces phénomènes biologiques ainsi que de grandes quantités de nouvelles données de séquence fournissent 
un certain nombre de nouvelles
défis à la bioinformatique, à la fois sur la modélisation des mécanismes biologiques sous-jacents et efficace
le traitement des données. C'est ce que nous voulons atteindre dans BONSAIMost de nos projets de recherche 
sont menés en ˙
collaboration avec des biologistes. Une attention particulière est accordée au développement d'un logiciel 
robuste, sa validation
sur des données biologiques et sa disponibilité à partir de la plate-forme logicielle de l'équipe: http://bioinfo.lifl.fr.
